O PPEdu organiza-se em três Linhas de Pesquisa, subdivididas em sete Núcleos:
Linha 1 - Perspectivas Filosóficas, Históricas, Políticas e Culturais de Educação
Reflexão sistemática sobre educação a partir da Filosofia e Educação, da História da Educação, das Políticas Educacionais e das Práticas Culturais, focalizando os processos pedagógicos, a dinâmica escolar e a construção de saberes. A linha está organizada em três núcleos:
Núcleo 1: Filosofia e Educação
Objetivo: Desenvolver pesquisas que tratam das possíveis relações entre Filosofia e Educação e que ofereçam contribuições ao entendimento das problemáticas educacionais.
Núcleo 2: História, Cultura, Escola e Ensino
Objetivo: desenvolver pesquisas nos seguintes campos: história da educação; ensino de história; educação histórica; memória; patrimônio; cultura e cultura escolar; saberes e práticas em diferentes espaços educativos.
Núcleo 3: Políticas Educacionais
Objetivo: Estudar as políticas públicas no contexto internacional e nacional, os efeitos destas sobre o desenvolvimento do sistema educacional e o contexto escolar nos diferentes níveis.
Linha 2 - Docência: Saberes e Práticas
As ações de seus participantes convergem para a produção de conhecimentos sobre a docência, considerando saberes e práticas nos aspectos pedagógicos, psicológicos e epistemológicos, tendo em vista uma educação comprometida com as necessidades do contexto escolar, nos diversos níveis e modalidades de ensino. A Linha está organizada em dois Núcleos:
Núcleo 1: Formação de Professores
Objetivo: Desenvolver atividades de ensino e pesquisa, focalizando aspectos relacionados à formação inicial e continuada de professores.
Núcleo 2: Ação Docente
Objetivo: Desenvolver atividades de ensino e pesquisa, focalizando aspectos didático-pedagógicos e motivacionais da docência.
Linha 3 - Aprendizagem e Desenvolvimento Humano em contextos escolares
As ações de seus docentes convergem para investigações acerca do cotidiano escolar, dos processos de ensino aprendizagem e desenvolvimento humano. Esta linha está organizada em dois núcleos:
Núcleo 1: Aprendizagem, Desenvolvimento Humano e Escolarização
Objetivo: Realizar pesquisas em instituições escolares focalizando: a interação entre seus sujeitos; as práticas pedagógicas; a organização da escola e seus aspectos institucionais.
Temáticas de Pesquisa: Cotidiano escolar; aprendizagem da docência; representações sociais e educação; leitura - práticas e estratégias; jogos e processos de construção cognitiva e sócio-afetiva; resiliência; escolarização e aspectos institucionais.
Núcleo 2: Educação Especial
Objetivo: Realizar pesquisas focalizando a educação de pessoas com necessidades educacionais especiais (NEE), no referente às políticas educacionais; às interações no cotidiano escolar; ao processo de ensino aprendizagem; às práticas pedagógicas; e, à formação de seus profissionais.
Temáticas de Pesquisa: Educação inclusiva: aspectos teóricos e práticos; formação de professores/recursos humanos para o trabalho com alunos com NEE; escolarização de pessoas com NEE nos diferentes níveis de ensino; processos de estigmatização no cotidiano escolar; políticas educacionais para escolarização de alunos com NEE.